Bubble Academy demande au joueur de faire éclater des boules magiques. Muni d’un lanceur en verre qui ressemble à un ballon de chimiste, il projettera la boule en direction de ses homologues colorées. Bien entendu, les regroupements de même couleur seront à privilégier avec un minimum de 3 à chaque fois. Dans ce laboratoire, il y aura un certain nombre de défis à relever. Tout d’abord collecter les 3 étoiles sur certains niveaux. La difficulté augmentant progressivement, le joueur pourra utiliser des boules spéciales. Certaines seront explosives alors que d’autres détruiront une rangée complète. Mais comme tout n’est pas toujours simple, des lianes entoureront certaines bulles. Elles devront être détruite avant de réaliser l’alignement souhaité. Le joueur devra faire face à de nombreux challenges tout au long des 100 niveaux que comportent Bubble Academy. Le jeu se joue à la souris et un mode plein écran est disponible.